En 1946 fija su residencia en Roma. Obtiene el doctorado en

Teología por la Universidad Lateranense. Es nombrado consultor de dos Congregaciones vaticanas, miembro honorario de la Pontificia Academia de Teología y prelado de honor de Su Santidad. Sigue con atención los preparativos y las sesiones del Concilio Vaticano II (1962-1965), y mantiene un trato intenso con muchos de los padres conciliares. Desde Roma viaja en numerosas ocasiones a distintos países de Europa, para impulsar el establecimiento y la consolidación del Opus Dei en esos lugares. Con el mismo objeto, entre 1970 y 1975 hace largos viajes por México, la Península Ibérica, América del Sur y Guatemala, donde además tiene reuniones de catequesis con grupos numerosos de hombres y mujeres.

Fallece en Roma el 26 de junio de 1975. Varios miles de personas, entre ellas numerosos obispos de distintos países —en conjunto, un tercio del episcopado mundial—, solicitan a la Santa Sede la apertura de su causa de canonización.

El 17 de mayo de 1992, Juan Pablo II beatifica a Josemaría Escrivá de Balaguer en la plaza de San Pedro, en Roma, ante 300.000 personas. «Con sobrenatural intuición», dijo el Papa en su homilía, «el beato Josemaría predicó incansablemente la llamada universal a la santidad y al apostolado».

Diez años más tarde, el 6 de octubre de 2002, Juan Pablo II canoniza al fundador del Opus Dei en la plaza de San Pedro ante una multitud de más de 80 países. El Santo Padre, en su discurso a los participantes en la canonización, dijo que "san Josemaría fue elegido por el Señor para anunciar la llamada universal a la santidad y para indicar que la vida de todos los días, las actividades comunes, son camino de santificación. Se podría decir que fue el santo de lo ordinario".